Родился 27 мая 1953 г. в Санкт-Петербурге. Крещен в младенчестве в Никольском Морском кафедральном соборе Петербурга.

В 1976 г. окончил Высшее военно-морское командное училище и в звании лейтенанта ВМФ убыл на службу на Северный флот. С 1979 г. — командир кораблей различных классов.

В 1995 г. окончил Военно-морскую академию. В 1997 г. демобилизован в звании капитана 2-го ранга.

С 1998 г. — пресс-секретарь епископа Мурманского Симона и руководитель издательства Мурманской епархии. Основатель и первый редактор газеты Мурманской епархии «Православная миссионерская газета».

В 1999 г. поступил в Православный Свято-Тихоновский богословский институт (ныне Православный Свято-Тихоновский гуманитарный университет), который окончил в 2005 г., поступив в аспирантуру.

В 2000 г. получил благословение от архимандрита Иоанна (Крестьянкина) на принятие монашества.

11 июня 2000 г. архиепископом Мурманским Симоном пострижен в монашество с наречением имени Митрофан в честь свт. Митрофана, первого Патриарха Константинопольского.

13 июня 2000 г. рукоположен во диакона, 25 июня того же года — во пресвитера.

28 марта 2007 г. возведен в сан игумена.

До избрания во епископа являлся настоятелем Успенского прихода с. Варзуга, благочинным Терского округа, председателем комиссии по канонизации святых Мурманской епархии.

В 2009 г. присвоена ученая степень кандидата богословия за защиту диссертации, подготовленной на кафедре истории Русской Церкви ПСТГУ (тема «Житие преподобного Трифона Печенгского и история Печенгского монастыря в свете новых и малоизученных исторических документов»).

С 2010 г. — член Союза писателей России.

Решением Священного Синода от 2 октября 2013 г. (журнал № 111) избран епископом Североморским и Умбским.

Наречен во епископа 1 ноября 2013 г. в домовом храме Патриаршей резиденции в Чистом переулке в Москве. Хиротонисан 24 ноября за Божественной литургией в храме Сошествия Святого Духа в пос. Первомайское г. Москвы. Богослужения возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.

Решением Священного Синода от 25 декабря 2014 г. (журнал № 138) утвержден в должности священноархимандрита Свято-Троицкого Трифонова Печенгского мужского монастыря поселка Луостари Печенгского района Мурманской области.

6 июня 2018 г. на первом заседании Патриаршей комиссии по вопросам физической культуры и спорта избран председателем комиссии.

Решением Священного Синода от 14 июля 2018 г. (журнал № 46) включен в состав Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви.

С июля 2018 г. — член Межсоборного присутствия Русской Православной Церкви.

Решением Священного Синода от 26 февраля 2019 г. (журнал № 10) назначен Преосвященным Мурманским и Мончегорским, главой Мурманской митрополии.

17 марта 2019 г. за Литургией в Храме Христа Спасителя в Москве Святейшим Патриархом Кириллом возведен в сан митрополита.

В феврале-апреле 2019 г. временно управлял Североморской епархией.

Решением Священного Синода от 16-17 июля 2020 г. (журнал № 44) утвержден в должности священноархимандрита Свято-Троицкого Феодоритова Кольского мужского монастыря г. Мурманска.

Образование:

1976 г. — Высшее военно-морское командное училище.

1995 г. — Военно-морская академия.

2005 г. — Православный Свято-Тихоновский гуманитарный университет (кандидат богословия).

Научные труды, публикации:

Слово архимандрита Митрофана (Баданина) при наречении во епископа Североморского и Умбского.

Житие преподобного Трифона Печенгского и история Печенгского монастыря в свете новых и малоизученных исторических документов (кандидатская диссертация).

Автор 33 книг и около 30 статей (в том числе в «Православной энциклопедии») по истории Крайнего Севера, богословию и агиографии.

Награды:

Церковные:

2012 г. — медаль прп. Трифона Печенгского I ст. (Мурманская епархия);

2018 г. — орден прп. Серафима Саровского III ст;

2023 г. — орден прп. Сергия Радонежского II ст.

Светские:

2022 г. — почетная грамота Президента РФ;

2023 г. — медаль Николая Озерова;

2023 г. — почетный памятный знак Императорского православного палестинского общества «Орден имени императора Александра III».