Свято-Троицкий монастырь был основан в устье реки Кола в 1540 году преподобным Феодоритом Кольским: – «…на устье Кола реки созидает монастырь», ставит «церковь во имя Пребезначальной Троицы и, собрав братию, дает им Устав». (А. Курбский).

В 1742 году монастырь был приписан к Соловецкой обители.

В 1764 году, во исполнение Указа Екатерины II о секуляризации монастырских земель, монастырь был упразднен, его земли отошли местным крестьянам.

27 декабря 1995 года Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II была учреждена Мурманская и Мончегорская епархия. Фактически в это же время было заложено основание будущего Подворья. Начиналось оно как Приход во имя иконы Божией Матери «Живоносный Источник», располагающийся в административном здании Мурманского рыбного порта, и действовало в качестве Представительства Трифоно-Печенгского мужского монастыря в Мурманске.

В августе 2000 года Представительство монастыря зарегистрировало свой Устав и получило статус Подворья Трифоно-Печенгского мужского монастыря. С этого момента Подворье монастыря существовало самостоятельно.

Начальное состояние Подворья можно было охарактеризовать, как очень бедное. Администрация Мурманского рыбного порта с пониманием отнеслась к нуждам Подворья и подарила ему барак по адресу: г. Мурманск, ул. Траловая, 22. Силами трудников и прихожан в этом бараке были обустроены храм, кельи для монахов, трапезная, свечная лавка, книжный склад для доставки книг приходам епархии, помещение для воскресной школы. В то же время стало очевидно, что площади всех помещений недостаточно для задач Подворья, да и само Подворье должно выглядеть несколько по-другому. Поэтому правящий архиерей обращается в администрацию г. Мурманска с просьбой выделить земельный участок в городе для строительства нового Подворья. Параллельно с этим подыскивает людей, способных осуществить строительство.

По ряду причин вопрос строительства Подворья на новом месте не решался несколько лет, тем временем оно жило своей жизнью: приходили новые послушники, певчие, совершались постриги и хиротонии.

В конце 2008 года монастырское подворье переместилось на новое место (г. Мурманск, ул.Кооперативная, 32). Здание на старом месте было передано паломнической службе «Под сенью Трифона».

После переезда строительство подворья не прекратилось. Один за другим были построены надвратный Свято-Троицкий храм, жилой корпус с гаражом, двухэтажный братский корпус и другие здания для жилья и хозяйственных нужд.

При подворье был организован приют для людей, оставшихся без жилья и средств к существованию. Попавшие в такую ситуацию люди могли найти здесь питание и кров до тех пор, пока не обретут себе более подходящие условия жизни. В приюте в разное время находилось до 40 человек.

23 июня 2014 года в связи с образованием Мурманской митрополии, подворье преобразуется в Архиерейское Феодоритовское подворье.

11 марта 2020 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви на месте Архиерейского подворья был открыт Свято-Троицкий Феодоритов Кольский мужской монастырь г. Мурманска, и его игуменом назначен иеромонах Трифон (Михайловский) (журнал №26).

17 июля 2020 года в связи с особой значимостью обители определением Священного Синода Русской Православной Церкви (журнал №44) митрополит Мурманский и Мончегорский Митрофан (Баданин) назначен Священноархимандритом Свято-Троицкого Феодоритова Кольского мужского монастыря г. Мурманска.

 На 2022 год монастырь включает в себя три храма: основной – освящён в честь преподобного Феодорита Кольского, малый – в честь иконы Пресвятой Богородицы «Живоносный Источник» и надвратный – Свято-Троицкий.

На территории монастыря, в собственности которого имеются 2,5 гектара земли, находятся братский корпус, трапезная с братскими кельями, игуменский дом, жилой дом, ангар, гаражи, здание бани, 3 башни с кельями, 2 дома для трудников. Имеется небольшое подсобное хозяйство в виде нескольких соток сельскохозяйственных угодий. Также в обители имеется библиотека с фондом 14 тыс. экземпляров с конференц-залом и 2 башни со швейной мастерской и певческим классом.

В братии монастыря 1 игумен – наместник обители, 3 иеромонаха, 1 иеродиакон, 1 монах и порядка 25 трудников.

Монастырь осуществляет пастырское окормление казачьих обществ Мурманской епархии. Штаб одного из них, Кольского хуторского, располагается на территории монастыря. Наместник монастыря также является руководителем епархиального отдела по взаимодействию с казачеством.